Ayvalık Rahmi M. Koç Müzesi, Rahmi M. Koç Müzecilik ve Kültür Vakfı bünyesinde faaliyet gösteren müze. Balıkesir’in Ayvalık ilçesine bağlı Alibey (Cunda) Adası’nda, tarihi Taksiyarhis Kilisesi binasında yer alır. Ayvalık’ın ilk özel müzesi olarak 2014 yılında ziyarete açılmıştır.

Ayvalık’ın ilk kilisesi olan Taksiyarhis, 15. yüzyılda küçük bir ibadethane olarak inşa edilmiştir. 1873’te eski temelleri üzerinde yeniden inşa edildikten sonra metropolitlik kilisesi olarak ibadete açılmıştır. Bazilika tipinde, tek kubbeli ve dikdörtgen planlı yapı, dönem mimarisine egemen olan neoklasik üsluptadır. Yığma tekniğiyle örülmüş duvarlarda yörenin taş ocaklarından çıkarılan ünlü sarımsaktaşı kullanılmıştır. Dört taşıyıcı sütun da tuğladan örülmüş, kireç harçlı sıva ve alçıyla kaplanmıştır. İç mekân aziz ikonaları, havari tasvirleri, bitkisel ve geometrik motiflerle bezenmiştir.

1927-28’de minaresiz bir camiye çevrilen yapı daha sonra uzun süre Tekel deposu olarak kullanılmıştır. 1944’teki depremde büyük hasar görmüş; zaman içinde diğer doğa olaylarının yanı sıra define aramak amacıyla yapılan kaçak kazılardan dolayı büyük oranda tahrip olmuştur. Mayıs 2012’de Rahmi M. Koç Müzecilik ve Kültür Vakfı’nca kültürel ve sanatsal etkinliklerde kullanılmak üzere Vakıflar Genel Müdürlüğü’nden 49 yıllığına kiralanmış ve restore edilerek 31 Mayıs 2014 tarihinde müze olarak ziyarete açılmıştır.

Müzede İstanbul ve Ankara’daki Rahmi M. Koç müzelerinin envanterleri temel alınarak teneke oyuncaklardan buharlı mekanik modellere, bebek arabalarından zaman ölçüm aletlerine uzanan geniş bir koleksiyon sergilenmektedir.